Yugi Muto es un joven de buen corazón, aunque un poco tímido, al que le gustan más los juegos que pasar tiempo con sus compañeros. Un día, el prefecto de la escuela lo chantajea por dinero a cambio de protegerlo de los bravucones de la escuela. Mientras piensa cómo solucionar esa situación, Yugi termina el Rompecabezas del Milenio, despertando el poder de ese artefacto, que le da una personalidad más fuerte y agresiva. Este "Yugi Oscuro" va derrotando a ese prefecto y a otros bravucones de la escuela en los "Juegos Oscuros", donde expone la maldad de esas personas y los castiga por haber lastimado a sus amigos y a los más débiles.